Além do Conselho Deliberativo e da Diretoria Executiva, a AJ João Mendes possui diversas Diretorias Institucionais, responsáveis pelas mais diversas necessidades da entidade. Todas as Diretorias são conduzidas por estudantes da Faculdade de Direito do Mackenzie.
A AJ João Mendes é uma entidade que precisa respeitar diversos regulamentos e previsões legais. Além disso, desenvolve pesquisa na área de Acesso à Justiça e mantém um acervo de livros e itens históricos. Para organizar todas essas atividades, surgiu a Diretoria Institucional de Regulamentação, Pesquisa, Biblioteca e Acervo (RPBA). A RPBA é responsável por verificar o cumprimento e respeito de todas as normas externas que regulam a Assistência Judiciária no país e no Estado de São Paulo; manter atualizadas as normas externas que regulam a Assistência Judiciária; realizar pesquisas constantes para verificar o panorama político e institucional da regulamentação das assistências judiciárias no Brasil; realizar estudos e pesquisas sobre acesso à justiça no Brasil; realizar estudos e pesquisas sobre as assistências judiciárias existentes hoje no Estado de São Paulo e no Brasil; manter atualizada a Biblioteca de Direitos Humanos; captar doações de livros para a Biblioteca e organizar os documentos históricos do Memorial do Direito-Mackenzie.
Para desenvolvimento de suas atividades, a AJ possui estagiários. A organização dos estagiários é feita pela Diretoria de Estágio, responsável por verificar o cumprimento e respeito, pela AJ, de todas as normas e leis relacionadas ao estágio; manter contato constante com os estagiários para verificar sua evolução e aprendizado; realizar o processo seletivo dos estagiários; verificar a disponibilidade financeira para pagamento dos estagiários.
A Diretoria de Compliance e Auditoria é um órgão, de caráter externo, responsável por verificar o cumprimento e respeito de todas as normas éticas e legais relacionadas ao Compliance; realizar auditoria de todas as áreas da AJ, a fim de verificar se estão cumprindo suas funções; manter guarda de todos os documentos que comprovem o bom andamento das atividades, além de manter atualizado o Código de Ética e o Canal de Denúncias.
Além dos atendimentos feitos diretamente na sede, a AJ visita ONG’s e entidades que prestam serviços e atendimento à população de baixa renda, possibilitando o atendimento das pessoas diretamente em suas comunidades. Para organizar as visitas, surgiu a Diretoria de Visitas, responsável por realizar visitas e atendimentos externos; manter cadastro de entidades externas interessadas em receber as visitas; por manter cadastro de advogados interessados em realizar as visitas.
Para se manter, a AJ conta com parceiros institucionais e patrocinadores. A apresentação da AJ e captação de recursos é de responsabilidade da Diretoria de Captação de Recursos, responsável por manter um bom relacionamento com os patrocinadores já existentes; organizar atividades com os patrocinadores e captar novos patrocinadores.
A AJ mantém relação com todas as entidades que foram a Faculdade de Direito do Mackenzie, além de outras externas. A Diretoria de Relações Institucionais é responsável por manter boas relações com as entidades internas do Mackenzie; manter boas relações com a Defensoria Pública do Estado de São Paulo; manter e criar relações com órgãos externos do Mackenzie, outras Assistências, Institutos, Defensoria Pública, etc.
Para divulgação de suas atividades e das atividades de seus parceiros, a AJ possui a Diretoria de Comunicação e Imprensa, responsável por manter atualizada a comunicação com os estudantes e órgãos internos do Mackenzie; manter atualizada a comunicação com as entidades externas e patrocinadores da AJ.
Advogados podem se cadastram para prestar atendimento e consultoria na AJ. Para organização destas atividades, surgiu a Diretoria de Núcleos Consultivos, responsável por manter cadastro atualizado de advogados dos núcleos consultivos; verificar o bom andamento e resposta dos advogados cadastrados.